Die Sommeruniversität war inhaltlich in mehrere Blöcke aufgeteilt, die wiederum in ein größeres achttägiges Rahmenprogramm eingebunden waren. Der erste Block beschäftigte sich mit dem Donauraum und der Donauraumstrategie, Block II mit der Migrationsgeschichte vom 18. bis zum Ende des 20. Jahrhunderts, Block III mit der aktuellen Situation der Migration im Donauraum, Block IV mit der Asyl- und Zuwanderungspolitik der EU-Politik und nationaler Politiken und Block V mit den Migrationsprobleme in alternden Gesellschaften. In Block VI wurde zum Abschluss noch ein angewandter Workshop zum Thema „Migration und Flüchtlingspolitik und die öffentlichen Meinung – Einführung in Online Wahlhilfen“ angeboten. Pro Block gab es eine/n Lehrende/n, der/die für den Inhalt verantwortlich war. Die Studierenden wurden mit einem Themenvorschlag zu einem Block zugeteilt und hielten zu den jeweiligen Themen ein Referat. Die Lehrenden bereiteten das Thema ihres jeweiligen Blocks für die Studierenden auf, hielten eine einführende Präsentation und kommentierten die Referate der Studierenden. Somit gab es einleitende Referate von Ellen Bos zum Thema Donauraumstrategie, von Gerhard Seewann zum historischen Überblick, von Ralf Thomas Göllner zur Migration im Donauraum aktuell, Daniele Saracino sprach zum Thema Asyl- und Zuwanderungspolitik, wobei in seinem Block zusätzlich ein Vortrag von Regierungsrat Henning Schüttel aus Bayern eingebaut wurde, der sich mit der Situation in Bayern beschäftigte, Siegfried Franke trug im Block V noch zum Thema Migrationsprobleme in alternden Gesellschaften vor und Melani Barlai sprach über die Online-Wahlhilfe Vokskabin.
Das eigentliche Programm der Sommeruniversität begann bereits am Anreisetag, dem 28. August 2016, mit einem Vortrag von Adam Krzemiński, einem polnischen Publizisten und Journalisten, der zum Thema „Ostmitteleuropa 1944-1989 und danach: Unsere namenlosen Revolutionen“ referierte. Am nächsten Morgen wurden die TeilnehmerInnen nochmals offiziell begrüßt und in die Thematik der Sommeruniversität eingeführt. Der erste Block fand am Montagnachmittag statt, gefolgt von einem Workshop des Young Citizens Danube Networks (YCDN). Themenblock II und III wurden am Mittwoch abgehalten und am Abend fand eine öffentliche Podiumsdiskussion zum Thema „Was kann der Donauraum durch Migration gewinnen“ statt. Auf dem Podium waren Gerhard Seewann, Ralf Thomas Göllner, Regierungsrat Henning Schüttel aus Bayern und Siegfried Franke. Ellen Bos moderierte das Panel. Die Fragen des Publikums gingen eher auf die Situation in Ungarn ein und hinterfragten auch den Titel der Podiumsdiskussion, auf den im Rahmen der Podiumsdiskussion weniger eingegangen wurde.
Am dritten Tag der Sommeruniversität wurden die Blöcke IV und V abgehalten. Im Rahmen des Block IV wurde der Vortrag von Regierungsrat Hennig Schüttel eingebaut. Er sprach über die spezifische Situation in Bayern und auf die Reaktionen der Politik und Verwaltung auf die Herausforderungen, die mit der hohen Anzahl an Asylwerber auftraten. Am späten Nachmittag, nach dem Block V, wurde in einer Podiumsdiskussion mit ungarischen NGOs über die Flüchtlingssituation in Ungarn diskutiert. Die vertretenen Organisationen waren Amnesty International Magyarország, Migrant Solidarity Group of Hungary und International Organisation for Migration. Am späteren Abend waren die Teilnehmer/innen der Sommeruniversität zum Abendvortrag von der Holocaustüberlebenden Éva Pusztai-Fahidi an der Deutschen Botschaft eingeladen.
Am Donnerstag, dem vierten Tag der Sommeruniversität, fand der Block VI unter der Leitung von Melani Barlai statt. Es wurde das Vokskabin-Projekt vorgestellt und die Studierenden für die Ausarbeitung von Fragen in Gruppen eingeteilt. Am Nachmittag fand die Exkursion ins Jakob Bleyer Heimatmuseum der Ungarndeutschen nach Budaörs statt. Die TeilnehmerInnen nahmen an einem Stadtrundgang und einem Vortrag im Museum teil. Der Tag wurde mit einem Grillabend an der AUB beendet, bei dem beide Sommeruniversität der AUB sowie neue AUB-Studierende gemeinsam teilnahmen.
Am Freitag setzte Melani Barlai mit ihrem interaktiven Workshop fort. Die am Vortrag erarbeiteten Fragen wurden diskutiert und zum Schluss mussten die Studierenden ihr Vokskabin-Projekt in Rahmen einer simulierten Pressekonferenz vorstellen. Am Nachmittag wurde ein Evaluierungsgespräch mit den Studierenden geführt und danach zu einem Abschiedsumtrunk in den Innenhof der Universität geladen. Einige nahmen das Angebot an zum Nachtbaden ins Rudasbad zu gehen.
Am Samstag und offiziellen letzten Tag der Sommeruniversität konnten die Teilnehmer/innen die kleine Stadt Szentendre entdecken. Die Gruppe fuhr morgens mit dem Schiff nach Szentendre, hatte dort ein paar Stunden Zeit, um den Ort zu entdecken und nach einem gemeinsamen Essen wurde die Heimreise angetreten.